Εξαιρετικά χρήσιμο φυτό και από τα καλύτερα αντισηπτικά και τονωτικά βότανα. Είναι το φυτό με τις περισσότερες ευεργετικές ιδιότητες.

Το θυμάρι βρίσκει εφαρμογή στην εναλλακτική ιατρική και φυσικά στη μαγειρική.

Στη μαγειρική, χρησιμοποιείται στο κρέας, το ψάρι, το ψωμί, τις πατάτες, τις σαλάτες και σε διάφορες σάλτσες.

Παρουσιάζει ισχυρή αντιοξειδωτική δράση, χάρη στα συστατικά της θυμόλης και της καρβακρόλης που περιέχει. Η θυμόλη είναι αποτελεσματική κατά της σαλμονέλας και του σταφυλόκοκκου.

Παραδοσιακά, το θυμάρι χρησιμοποιείται σε καταστάσεις δυσπεψίας, άσθματος, λαρυγγίτιδας, σαν αντιβηχικό και σε βρογχίτιδες. Σήμερα είναι γνωστό ότι έχει άφυσες, αντισπασμωδικές, αποχρεμπτικές, βακτηριοστατικές και ανθελμινθικές ιδιότητες.

Επίσης, χρησιμοποιείται για την αντιμετώπιση δερματολογικών προβλημάτων από ακμή, δερματίτιδα, εκζέματα, τσιμπήματα εντόμων και διευκολύνει την πέψη του στομάχου.